Османски период: Пет века промени
Османските турци завладели Несебър през 1453 г., слагайки началото на период на управление, продължил до 1878 г. Тази ера донесла дълбоки промени в характера на града, макар много от неговите християнски паметници да оцелели забележително добре.
Под османска власт няколко църкви били превърнати в джамии, докато други западнали. Все пак османците като цяло толерирали християнското население на Несебър и градът останал важно търговско пристанище. Гръцки търговци и рибари продължавали да формират мнозинството от населението.
XVIII и XIX век видели строителството на характерните дървени къщи, които сега определят жилищната архитектура на Стария Несебър. Тези къщи от Възрожденския период имат каменни приземни етажи за складиране и търговия, с надвисващи дървени горни етажи, използвани за жилищни помещения. Техните характерни издадени еркери и дървени балкони създават очарователните улични изгледи, на които посетителите се любуват днес.
През този период Несебър развил и процъфтяваща винарска индустрия, с лозя, отглеждани по склоновете около полуострова. Градското вино се изнасяло в цялата Османска империя и станало един от основните му източници на богатство.