Средновековно българско управление и Златният век
Историята на Несебър под българско управление е белязана от периоди на голямо благоденствие и културни постижения. Градът за пръв път попаднал под българска власт през 812 г., когато хан Крум го завладял от Византийската империя. Това започнало модел на редуващо се българско и византийско управление, който щял да продължи векове.
По време на управлението на цар Симеон Велики (893-927) България преживяла своя Златен век и Несебър процъфтявал като важен културен и религиозен център. Градските църкви били украсени с нови стенописи и икони, а манастирите му станали центрове на учение и производство на ръкописи.
Градът сменял ръцете си многократно между България и Византия, но именно по време на Второто Българско царство (1185-1396) Несебър достигнал своя архитектурен зенит. Този период видял строителството на най-известните църкви, които определят градския силует днес, включително „Христос Пантократор" и „Свети Йоан Алитургетос".
Несебърската архитектурна школа, развила се през този период, се характеризира с декоративно тухлоградене, полихромни фасади и иновативно използване на керамични орнаменти - характеристики, които отличават Несебърските църкви от византийските постройки другаде.